Л-цистеин се углавном користи у медицини, козметици, биохемијским истраживањима; користи се у хлебним материјалима за подстицање стварања глутена и подстицање ферментације, плесни и спречавање старења. Користи се у природним соковима за спречавање оксидације витамина Ц и спречавање сока да порумени. Производ има ефекат детоксикације, може се користити за тровање акрилонитрилима, ароматичну ацидозу.