Ензимски препаратису изведени из организама и углавном су сигурнији и могу се користити у одговарајућим количинама у складу са производним потребама. Постоје три главне групе микроорганизама који производеензимски препарати: нитасте гљиве, квасци и бактерије, углавном користе добре ваздушне бактерије. Сојеви и употреба неколико главних индустријских ензима су следећи:
(1) Амилазе
Амилаза хидролизује скроб дајући пастозне малто-олигосахариде и малтозу. Производи се углавном потопљеном ферментацијом Бациллус субтилис и Бациллус лицхениформис из рода Бациллус, а овај производи термостабилне ензиме. Поред тога, производи се и потопљеним и получврстим ферментација сојевима Аспергиллус и Рхизопус, што је погодно за прераду хране. Амилаза се углавном користи за производњу шећера, уклањање величине текстила, прераду сировина за ферментацију и прераду хране. Глукоамилаза може хидролизовати скроб у глукозу, коју Аспергиллус нигер данас готово све производи. потопљена ферментација за производњу шећера, производњу алкохола, прераду сировина за ферментацију итд.
(2) Протеаза
Најчешће коришћени сојеви и производне сорте. Користите Бациллус лицхениформис, Бациллус пумилус и Бациллус субтилис за производњу бактеријске протеазе потопљеном ферментацијом; користите Стрептомицес и Аспергиллус потопљену ферментацију за производњу неутралне протеазе и протеазе Аспергиллус ацид за депилацију коже, омекшавање крзна, фармацију и прехрамбену индустрију; Неке бактерије из рода Муцор пролазе кроз полутврду ферментацију да би произвеле сириште, које замењује сириште првобитно издвојено из телади стомак у производњи сира.
(3) Глукоза изомераза
Сорта која се брзо развила 1970-их година. Прво, потопљена ферментација користи се за добијање ћелија Стрептомицес. После имобилизације, раствор глукозе се претвара у сируп који садржи око 50% фруктозе. Овај сируп се може користити у прехрамбеној индустрији уместо сахарозе. Коришћење амилазе, глукоамилазе и глукозе изомеразе за производњу фруктозног сирупа од кукурузног скроба постала је једна од новонасталих индустрија шећера.
